diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..9b0e67292 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,18 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3639 and counting)
Get Data
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
@@ -38,8 +37,23 @@ layout: default
+
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+
+
+
@@ -63,17 +77,18 @@ layout: default
Send Data
-
-
-
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+
+
Collection Operations
-
-
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+
+
@@ -83,62 +98,63 @@ layout: default
+
+
+
+
Expression Tools
-
+
+
General Text Tools
Text Manipulation
-
-
-
-
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+
-
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-
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-
+
+
+
+
+
-
+
+
@@ -149,6 +165,8 @@ layout: default
+
+
@@ -163,14 +181,30 @@ layout: default
+
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
-
+
+
+
@@ -191,44 +225,67 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
-
-
-
-
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-
-
-
-
-
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@@ -241,27 +298,10 @@ layout: default
-
FASTA/FASTQ
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
@@ -289,21 +329,29 @@ layout: default
+
+
+
+
+
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-
+
@@ -313,10 +361,16 @@ layout: default
+
+
+
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@@ -327,168 +381,185 @@ layout: default
+
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Quality Control
-
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SAM/BAM
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BED
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VCF/BCF
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Nanopore
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+
@@ -496,6 +567,7 @@ layout: default
+
@@ -509,23 +581,28 @@ layout: default
+
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
-
-
+
+
+
+
-
Fetch Sequences / Alignments
+
@@ -541,100 +618,67 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
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@@ -658,46 +702,135 @@ layout: default
+
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+
+
Multiple Alignments
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
@@ -706,175 +839,190 @@ layout: default
+
+
+
+
+
Assembly
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
-
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+
Mapping
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Variant Calling
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+
@@ -897,122 +1045,179 @@ layout: default
+
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+
Genome editing
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+
RNA-Seq
RNA Analysis
-
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+
@@ -1036,21 +1241,23 @@ layout: default
+
+
-
+
-
+
@@ -1073,7 +1280,7 @@ layout: default
-
+
@@ -1099,13 +1306,18 @@ layout: default
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
-
@@ -1122,10 +1334,38 @@ layout: default
+
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+
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+
+
+
Peak Calling
-
+
@@ -1140,13 +1380,13 @@ layout: default
+
-
-
+
+
+
Epigenetics
-
-
@@ -1173,42 +1413,38 @@ layout: default
+
+
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+
Phylogenetics
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-
+
@@ -1218,6 +1454,29 @@ layout: default
+
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+
+
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+
+
+
+
+
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+
+
+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1484,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,234 +1494,257 @@ layout: default
Single-cell
-
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+Spatial Omics
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Genomics Toolkits
Picard
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+
deepTools
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Gemini
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+
-
+
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+
+
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EMBOSS
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NCBI Blast
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@@ -1480,49 +1760,50 @@ layout: default
-
-
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HiCExplorer
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+
@@ -1539,22 +1820,28 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
RAD-seq
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1588,117 +1875,67 @@ layout: default
-
-
-
-
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-
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-
Metagenomics
-Metagenomic Analysis
-
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Metagenomics
+Metagenomic Analysis
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@@ -1709,16 +1946,148 @@ layout: default
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+
Qiime
@@ -1890,6 +2259,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,245 +2267,247 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
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+
Virology
-
+
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-
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+
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+
+
+
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+
+
+
+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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+
@@ -2148,14 +2520,20 @@ layout: default
+
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@@ -2174,28 +2552,57 @@ layout: default
+
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+
Metabolomics
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-
-
-
-
-
@@ -2208,7 +2615,8 @@ layout: default
-
+
+
@@ -2219,7 +2627,7 @@ layout: default
-
+
@@ -2235,56 +2643,115 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
-ChemicalToolBox
-
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+ChemicalToolBox
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Statistics and Visualisation
Statistics
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Machine Learning
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Graph/Display Data
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@@ -2505,36 +3006,61 @@ layout: default
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+Muon Spectroscopy
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Miscellaneous Tools
Evolution
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Motif Tools
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Test Tools
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-
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@@ -2566,13 +3079,9 @@ layout: default
-
GIS Data Handling
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@@ -2581,12 +3090,30 @@ layout: default
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Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
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Regional Variation
@@ -2636,124 +3163,148 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
@@ -2774,16 +3325,57 @@ layout: default
+Compute indicators for turnover boulders fields
+
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+Ecoregionalization
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+Indicators from geometric mean
+
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+Astronomy
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Interactive tools
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@@ -2800,6 +3392,15 @@ layout: default
+
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+
+
+
OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3420,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
@@ -2834,52 +3434,303 @@ layout: default
+
-SAM/BAM Manipulation
-
-
-
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-
-
-
-
-
-Metagenomic Analysis
-
-
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-
-GATK Tools
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Other Tools
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+
Biodiversity data exploration
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+
Sanger Sequencing
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+
+Extract Features
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+QIIME 2
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+
+Data Managers
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+XAS (X-ray Absorption Spectroscopy)
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+
+
+Metagenomic Analysis
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+
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+
+GATK Tools
+
+Built-in Converters
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