diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..535d8c86d 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,22 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3449 and counting)
Get Data
-
-
-
-
+
+
+
+
+
-
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-
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@@ -26,6 +29,10 @@ layout: default
+
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@@ -38,8 +45,10 @@ layout: default
+
+
@@ -63,15 +72,17 @@ layout: default
Send Data
-
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-
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+
+
Collection Operations
-
-
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@@ -87,58 +98,57 @@ layout: default
+
Expression Tools
-
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+
General Text Tools
Text Manipulation
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-
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-
@@ -149,6 +159,8 @@ layout: default
+
+
@@ -163,14 +175,26 @@ layout: default
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
+
-
-
+
+
@@ -180,8 +204,8 @@ layout: default
Join, Subtract and Group
-
+
@@ -191,44 +215,54 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
-
-
-
-
+
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-
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@@ -241,27 +275,33 @@ layout: default
-
FASTA/FASTQ
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@@ -290,33 +330,33 @@ layout: default
+
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@@ -327,175 +367,187 @@ layout: default
+
-
-
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+
+
+
Quality Control
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+
SAM/BAM
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BED
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VCF/BCF
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+
Nanopore
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+
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-
-
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+
+
+
+
@@ -509,11 +561,14 @@ layout: default
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
+
-
+
@@ -526,6 +581,7 @@ layout: default
+
@@ -541,100 +597,91 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
-
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-
@@ -658,109 +705,152 @@ layout: default
+
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Multiple Alignments
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-
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Assembly
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@@ -768,113 +858,126 @@ layout: default
+
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Mapping
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Variant Calling
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@@ -897,122 +1000,169 @@ layout: default
+
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Genome editing
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-RNA-Seq
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-RNA Analysis
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+RNA-Seq
+
+RNA Analysis
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+
@@ -1036,21 +1186,26 @@ layout: default
+
+
-
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-
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@@ -1099,13 +1254,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
-
@@ -1122,31 +1282,43 @@ layout: default
+
+
+
+
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+
+
Peak Calling
-
-
-
-
-
-
+
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+
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+
-
-
+
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+
+
+
+
+
-
-
+
+
Epigenetics
-
-
+
@@ -1173,42 +1345,39 @@ layout: default
+
+
+
+
+
Phylogenetics
-
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+
@@ -1218,6 +1387,24 @@ layout: default
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1412,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,72 +1422,93 @@ layout: default
Single-cell
-
-
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+Spatial Omics
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+
+
Genomics Toolkits
Picard
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+
+
+
-
-
+
+
@@ -1311,161 +1517,156 @@ layout: default
deepTools
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Gemini
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+
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EMBOSS
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+
NCBI Blast
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@@ -1480,49 +1681,50 @@ layout: default
-
-
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HiCExplorer
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+
+
@@ -1538,23 +1740,28 @@ layout: default
+
+
+
+
+
RAD-seq
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1601,104 +1808,71 @@ layout: default
Metagenomics
Metagenomic Analysis
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@@ -1709,16 +1883,111 @@ layout: default
-
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+
+
+
Qiime
@@ -1890,6 +2159,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,98 +2167,91 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Virology
-
+
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+
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+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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-
-
-
@@ -2005,7 +2268,6 @@ layout: default
-
@@ -2017,69 +2279,64 @@ layout: default
-
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@@ -2087,7 +2344,6 @@ layout: default
-
@@ -2096,16 +2352,19 @@ layout: default
-
-
+
+
+
+
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@@ -2115,11 +2374,18 @@ layout: default
+
+
+
+
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+
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@@ -2127,15 +2393,22 @@ layout: default
+
-
+
-
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+
+
+
+
+
+
@@ -2150,12 +2423,15 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2174,22 +2450,65 @@ layout: default
+
+
+
+
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+
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Metabolomics
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+
+
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+
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-
@@ -2208,6 +2527,7 @@ layout: default
+
@@ -2235,9 +2555,11 @@ layout: default
+
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@@ -2249,43 +2571,55 @@ layout: default
+
+
+
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ChemicalToolBox
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@@ -2293,11 +2627,8 @@ layout: default
-
-
-
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@@ -2314,10 +2645,13 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2326,6 +2660,9 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2349,6 +2686,10 @@ layout: default
+
+
+
+
@@ -2356,15 +2697,18 @@ layout: default
+
+
+
-
+
@@ -2384,10 +2728,24 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Statistics and Visualisation
Statistics
-
-
@@ -2397,106 +2755,105 @@ layout: default
+
-
-
-
-
-
-
-
-
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+
+
Machine Learning
-
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Graph/Display Data
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+
@@ -2505,36 +2862,59 @@ layout: default
+
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+
+Muon Spectroscopy
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+
Miscellaneous Tools
Evolution
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+
Motif Tools
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Test Tools
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@@ -2543,19 +2923,6 @@ layout: default
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@@ -2567,12 +2934,13 @@ layout: default
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GIS Data Handling
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@@ -2581,12 +2949,24 @@ layout: default
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Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
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Regional Variation
@@ -2636,124 +3016,138 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
@@ -2774,16 +3168,51 @@ layout: default
+Compute indicators for turnover boulders fields
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+Ecoregionalization
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+Indicators from geometric mean
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+Astronomy
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Interactive tools
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@@ -2800,6 +3229,15 @@ layout: default
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OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3257,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
@@ -2834,52 +3271,274 @@ layout: default
+
-SAM/BAM Manipulation
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-
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-
-Metagenomic Analysis
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-
-GATK Tools
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Other Tools
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Biodiversity data exploration
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Sanger Sequencing
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+Extract Features
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+QIIME 2
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+Metagenomic Analysis
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+GATK Tools
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+Built-in Converters
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