diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..97f63addd 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,22 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3336 and counting)
Get Data
+
+
+
-
-
-
-
+
+
-
+
-
+
+
+
@@ -26,6 +29,7 @@ layout: default
+
@@ -38,8 +42,12 @@ layout: default
+
+
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+
@@ -63,15 +71,16 @@ layout: default
Send Data
-
-
+
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Collection Operations
-
-
+
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@@ -87,58 +96,57 @@ layout: default
+
Expression Tools
-
+
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+
General Text Tools
Text Manipulation
-
-
-
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-
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-
+
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+
+
-
+
+
@@ -149,6 +157,8 @@ layout: default
+
+
@@ -163,14 +173,27 @@ layout: default
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
+
-
-
+
+
@@ -180,8 +203,8 @@ layout: default
Join, Subtract and Group
-
+
@@ -191,44 +214,53 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
-
-
-
-
-
-
+
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-
+
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-
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-
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@@ -245,23 +277,27 @@ layout: default
FASTA/FASTQ
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@@ -290,33 +326,33 @@ layout: default
+
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@@ -327,175 +363,187 @@ layout: default
+
-
-
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+
Quality Control
-
+
SAM/BAM
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-
-
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BED
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
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-
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-VCF/BCF
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+VCF/BCF
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+
Nanopore
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+
-
-
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-
-
+
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+
+
+
+
@@ -509,11 +557,14 @@ layout: default
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
+
-
+
@@ -526,6 +577,7 @@ layout: default
+
@@ -541,100 +593,79 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
-
-
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-
+
-
@@ -658,109 +689,148 @@ layout: default
+
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Multiple Alignments
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Assembly
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@@ -768,113 +838,123 @@ layout: default
+
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Mapping
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Variant Calling
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+
@@ -897,122 +977,167 @@ layout: default
+
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Genome editing
-
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-RNA-Seq
-
-RNA Analysis
-
-
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+
+RNA-Seq
+
+RNA Analysis
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+
@@ -1036,21 +1161,26 @@ layout: default
+
+
-
+
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+
+
-
+
@@ -1099,13 +1229,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
-
@@ -1122,31 +1257,43 @@ layout: default
+
+
+
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+
+
Peak Calling
-
-
-
-
-
-
+
-
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-
-
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
Epigenetics
-
-
+
@@ -1173,42 +1320,36 @@ layout: default
+
+
+
+
+
Phylogenetics
-
-
-
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-
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-
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-
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-
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-
+
-
+
@@ -1218,6 +1359,27 @@ layout: default
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1387,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,235 +1397,251 @@ layout: default
Single-cell
-
-
-
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+
+Spatial Omics
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+
+
Genomics Toolkits
Picard
-
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-
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-
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+
+
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+
+
+
+
deepTools
-
-
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-
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-
-
-
+
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+
+
+
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+
Gemini
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
+
-
+
+
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+
+
+
+
+
EMBOSS
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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+
+
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+
+
NCBI Blast
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1480,49 +1656,50 @@ layout: default
-
-
+
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+
-
+
HiCExplorer
+
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-
-
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+
+
@@ -1538,23 +1715,28 @@ layout: default
+
+
+
+
+
RAD-seq
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1600,105 +1782,63 @@ layout: default
Metagenomics
-Metagenomic Analysis
-
-
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-
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-
-
-
-
-
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-
-
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-
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-
-
-
-
-
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-
-
-
+Metagenomic Analysis
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@@ -1709,16 +1849,115 @@ layout: default
-
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+
+
+
+
+
Qiime
@@ -1890,6 +2129,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,89 +2137,69 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Virology
-
+
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-
-
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+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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-
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@@ -1988,7 +2208,6 @@ layout: default
-
@@ -2018,68 +2237,69 @@ layout: default
-
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-
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@@ -2097,17 +2317,24 @@ layout: default
-
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@@ -2115,11 +2342,18 @@ layout: default
+
+
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@@ -2127,15 +2361,23 @@ layout: default
+
-
+
-
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+
+
+
+
+
+
+
@@ -2150,12 +2392,15 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2174,22 +2419,59 @@ layout: default
+
+
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+
Metabolomics
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
-
@@ -2208,6 +2490,7 @@ layout: default
+
@@ -2235,9 +2518,11 @@ layout: default
+
+
@@ -2249,42 +2534,56 @@ layout: default
+
+
+
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+
ChemicalToolBox
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@@ -2293,11 +2592,8 @@ layout: default
-
-
-
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-
@@ -2305,6 +2601,7 @@ layout: default
+
@@ -2314,10 +2611,13 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2326,6 +2626,9 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2349,6 +2652,8 @@ layout: default
+
+
@@ -2356,15 +2661,18 @@ layout: default
+
+
+
-
+
@@ -2384,10 +2692,24 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Statistics and Visualisation
Statistics
-
-
@@ -2397,6 +2719,7 @@ layout: default
+
@@ -2408,95 +2731,92 @@ layout: default
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
Machine Learning
-
+
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+
+
Graph/Display Data
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-
+
+
+
+
+
+
@@ -2505,36 +2825,57 @@ layout: default
+
+
+
-
+
+
+Muon Spectroscopy
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Miscellaneous Tools
Evolution
-
+
-
-
+
+
+
-
+
-
-
-
Motif Tools
-
+
Test Tools
-
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2543,19 +2884,6 @@ layout: default
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
@@ -2567,12 +2895,12 @@ layout: default
+
+
GIS Data Handling
-
-
+
-
@@ -2581,12 +2909,23 @@ layout: default
+
+
+
Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
+
+
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Regional Variation
@@ -2636,124 +2975,131 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
@@ -2774,16 +3120,49 @@ layout: default
+Compute indicators for turnover boulders fields
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+Ecoregionalization
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+Indicators from geometric mean
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+Astronomy
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Interactive tools
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@@ -2800,6 +3179,13 @@ layout: default
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OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3205,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
@@ -2834,52 +3219,212 @@ layout: default
+
-SAM/BAM Manipulation
-
-
-
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-
-
-
-
-
-Metagenomic Analysis
-
-
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-
-GATK Tools
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Other Tools
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Biodiversity data exploration
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Sanger Sequencing
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+Extract Features
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+Metagenomic Analysis
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+GATK Tools
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