diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..65e591a10 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,22 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3364 and counting)
Get Data
-
-
-
-
+
+
+
+
+
-
+
-
+
+
+
@@ -26,6 +29,10 @@ layout: default
+
+
+
+
@@ -38,8 +45,10 @@ layout: default
+
+
@@ -63,15 +72,16 @@ layout: default
Send Data
-
-
+
+
Collection Operations
-
-
+
+
+
@@ -87,58 +97,58 @@ layout: default
+
Expression Tools
-
+
+
+
General Text Tools
Text Manipulation
-
-
-
-
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-
-
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-
+
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+
+
+
-
+
+
+
+
@@ -149,6 +159,8 @@ layout: default
+
+
@@ -163,14 +175,27 @@ layout: default
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
+
-
-
+
+
@@ -180,8 +205,8 @@ layout: default
Join, Subtract and Group
-
+
@@ -191,44 +216,53 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
-
-
-
-
-
+
+
-
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-
-
-
-
-
-
-
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+
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+
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@@ -245,23 +279,29 @@ layout: default
FASTA/FASTQ
-
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-
-
-
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@@ -290,33 +330,33 @@ layout: default
+
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@@ -327,175 +367,187 @@ layout: default
+
-
-
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+
+
+
Quality Control
-
+
SAM/BAM
-
-
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-
-
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+
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+
BED
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-VCF/BCF
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+VCF/BCF
-
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-
+
Nanopore
-
-
-
+
-
-
-
+
+
-
-
-
+
+
+
+
+
+
@@ -509,11 +561,14 @@ layout: default
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
+
-
+
@@ -526,6 +581,7 @@ layout: default
+
@@ -541,100 +597,88 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
-
-
-
-
-
-
-
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+
+
+
-
+
-
@@ -658,109 +702,151 @@ layout: default
+
+
-
-
-
+
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+
Multiple Alignments
-
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-
-
-
-
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-
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Assembly
-
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+
+
@@ -768,113 +854,125 @@ layout: default
+
+
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+
+
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+
Mapping
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-
-
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-
-
-
-
-
-
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-
-
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Variant Calling
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-
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+
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+
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+
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+
+
@@ -897,122 +995,167 @@ layout: default
+
-
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+
Genome editing
-
-
-
-RNA-Seq
-
-RNA Analysis
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
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-
-
-
-
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+
+
+
+RNA-Seq
+
+RNA Analysis
+
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-
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+
+
@@ -1036,21 +1179,26 @@ layout: default
+
+
-
+
+
+
+
-
+
@@ -1099,13 +1247,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
-
@@ -1122,31 +1275,44 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Peak Calling
-
-
-
-
-
-
+
-
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
Epigenetics
-
-
+
@@ -1173,42 +1339,36 @@ layout: default
+
+
+
+
+
Phylogenetics
-
-
-
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
-
+
+
-
+
-
+
@@ -1218,6 +1378,27 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1406,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,72 +1416,93 @@ layout: default
Single-cell
-
-
-
-
-
-
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+
+
+Spatial Omics
+
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+
+
+
+
Genomics Toolkits
Picard
-
-
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-
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-
-
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+
-
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+
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-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
-
-
+
+
@@ -1311,161 +1511,156 @@ layout: default
deepTools
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Gemini
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-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
EMBOSS
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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+
+
+
+
+
+
+
NCBI Blast
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1480,49 +1675,50 @@ layout: default
-
-
+
+
+
+
-
+
HiCExplorer
+
+
+
-
-
-
-
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+
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+
+
@@ -1538,23 +1734,28 @@ layout: default
+
+
+
+
+
RAD-seq
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1600,105 +1801,67 @@ layout: default
Metagenomics
-Metagenomic Analysis
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
-
-
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-
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-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
+Metagenomic Analysis
+
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-
+
@@ -1709,16 +1872,111 @@ layout: default
-
-
+
-
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
Qiime
@@ -1890,6 +2148,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,89 +2156,71 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Virology
-
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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-
-
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-
-
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+
+
-
+
-
+
+
+
+
@@ -1988,7 +2229,6 @@ layout: default
-
@@ -2018,68 +2258,69 @@ layout: default
-
+
-
-
+
+
+
-
+
-
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+
+
@@ -2097,17 +2338,24 @@ layout: default
-
+
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2115,11 +2363,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2127,15 +2382,21 @@ layout: default
+
-
+
-
+
+
+
+
+
+
@@ -2150,12 +2411,15 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2174,22 +2438,66 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
Metabolomics
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-
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
@@ -2208,6 +2516,7 @@ layout: default
+
@@ -2235,9 +2544,11 @@ layout: default
+
+
@@ -2249,42 +2560,50 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
ChemicalToolBox
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-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2293,11 +2612,8 @@ layout: default
-
-
-
+
-
@@ -2305,6 +2621,7 @@ layout: default
+
@@ -2314,10 +2631,13 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2326,6 +2646,9 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2349,6 +2672,8 @@ layout: default
+
+
@@ -2356,15 +2681,18 @@ layout: default
+
+
+
-
+
@@ -2384,10 +2712,24 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Statistics and Visualisation
Statistics
-
-
@@ -2397,6 +2739,7 @@ layout: default
+
@@ -2408,95 +2751,92 @@ layout: default
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
Machine Learning
-
+
+
+
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+
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-
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-
+
+
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+
+
+
Graph/Display Data
-
-
-
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+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
-
+
+
@@ -2505,36 +2845,57 @@ layout: default
+
+
+
-
+
+
+Muon Spectroscopy
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Miscellaneous Tools
Evolution
-
+
-
-
+
+
+
-
+
-
-
-
Motif Tools
-
+
Test Tools
-
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2543,19 +2904,6 @@ layout: default
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
@@ -2567,12 +2915,12 @@ layout: default
+
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GIS Data Handling
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@@ -2581,12 +2929,23 @@ layout: default
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Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
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Regional Variation
@@ -2636,124 +2995,136 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
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+Compute indicators for turnover boulders fields
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+Indicators from geometric mean
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+Astronomy
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Interactive tools
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OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3233,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
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+
-SAM/BAM Manipulation
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-
-Metagenomic Analysis
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-GATK Tools
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Other Tools
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Biodiversity data exploration
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Sanger Sequencing
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+Metagenomic Analysis
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+GATK Tools
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