diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..f4b6495f4 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,22 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3483 and counting)
Get Data
-
-
-
-
+
+
+
+
+
-
+
-
+
+
+
@@ -26,6 +29,10 @@ layout: default
+
+
+
+
@@ -38,8 +45,10 @@ layout: default
+
+
@@ -63,15 +72,17 @@ layout: default
Send Data
-
-
-
+
+
+
Collection Operations
-
-
+
+
+
+
@@ -87,58 +98,57 @@ layout: default
+
Expression Tools
-
+
+
General Text Tools
Text Manipulation
-
-
-
-
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+
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-
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-
-
-
-
-
-
@@ -149,6 +159,8 @@ layout: default
+
+
@@ -163,14 +175,26 @@ layout: default
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
+
-
-
+
+
@@ -180,8 +204,8 @@ layout: default
Join, Subtract and Group
-
+
@@ -191,44 +215,61 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
-
-
-
-
+
+
-
+
-
-
-
-
-
-
-
+
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+
+
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+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
@@ -241,27 +282,33 @@ layout: default
-
FASTA/FASTQ
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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@@ -290,33 +337,33 @@ layout: default
+
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+
@@ -327,175 +374,187 @@ layout: default
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Quality Control
-
+
SAM/BAM
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-
-
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BED
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VCF/BCF
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+
Nanopore
-
-
-
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-
-
-
+
+
-
-
-
+
+
+
+
+
+
@@ -509,11 +568,14 @@ layout: default
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
+
-
+
@@ -526,6 +588,7 @@ layout: default
+
@@ -541,100 +604,92 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
-
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+
-
@@ -658,109 +713,161 @@ layout: default
+
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Multiple Alignments
-
-
-
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Assembly
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+
+
+
@@ -768,113 +875,134 @@ layout: default
+
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Mapping
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Variant Calling
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+
+
@@ -897,122 +1025,166 @@ layout: default
+
-
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+
Genome editing
-
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+
RNA-Seq
RNA Analysis
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+
+
@@ -1036,48 +1208,53 @@ layout: default
+
+
-
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+
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-
-
-
-
@@ -1099,13 +1276,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
-
@@ -1122,31 +1304,43 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
Peak Calling
-
-
-
-
-
-
+
-
+
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+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
Epigenetics
-
-
+
@@ -1162,6 +1356,11 @@ layout: default
+
+
+
+
+
@@ -1173,42 +1372,36 @@ layout: default
+
Phylogenetics
-
-
-
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-
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-
-
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-
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-
+
@@ -1218,6 +1411,24 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1436,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,72 +1446,93 @@ layout: default
Single-cell
-
-
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+
+Spatial Omics
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+
+
Genomics Toolkits
Picard
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+
+
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
-
-
+
+
@@ -1311,161 +1541,156 @@ layout: default
deepTools
-
-
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-
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-
-
-
+
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Gemini
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-
+
-
+
+
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+
+
+
+
+
+
EMBOSS
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+
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+
+
NCBI Blast
-
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-
+
@@ -1480,49 +1705,50 @@ layout: default
-
-
+
+
+
+
-
+
HiCExplorer
+
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+
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-
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+
+
+
+
+
@@ -1538,23 +1764,28 @@ layout: default
+
+
+
+
+
RAD-seq
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1601,104 +1832,72 @@ layout: default
Metagenomics
Metagenomic Analysis
-
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-
+
@@ -1709,16 +1908,113 @@ layout: default
-
-
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+
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+
+
+
+
+
+
+
Qiime
@@ -1890,6 +2186,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,98 +2194,91 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Virology
-
+
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+
+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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+
-
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-
+
+
+
+
-
-
-
@@ -2005,7 +2295,6 @@ layout: default
-
@@ -2017,69 +2306,64 @@ layout: default
-
-
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-
-
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-
-
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+
+
@@ -2087,7 +2371,6 @@ layout: default
-
@@ -2096,16 +2379,19 @@ layout: default
-
-
+
+
+
+
+
@@ -2115,11 +2401,18 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2127,15 +2420,23 @@ layout: default
+
-
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
@@ -2150,12 +2451,15 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2174,28 +2478,70 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
Metabolomics
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
@@ -2208,6 +2554,7 @@ layout: default
+
@@ -2235,9 +2582,12 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2249,43 +2599,55 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
ChemicalToolBox
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+
+
+
@@ -2293,11 +2655,8 @@ layout: default
-
-
-
+
-
@@ -2314,10 +2673,13 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2326,6 +2688,9 @@ layout: default
+
+
+
@@ -2349,6 +2714,10 @@ layout: default
+
+
+
+
@@ -2356,15 +2725,18 @@ layout: default
+
+
+
-
+
@@ -2384,10 +2756,24 @@ layout: default
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Statistics and Visualisation
Statistics
-
-
@@ -2397,106 +2783,106 @@ layout: default
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
Machine Learning
-
+
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Graph/Display Data
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@@ -2505,36 +2891,59 @@ layout: default
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+Muon Spectroscopy
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Miscellaneous Tools
Evolution
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Motif Tools
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Test Tools
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@@ -2543,19 +2952,6 @@ layout: default
-
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@@ -2567,12 +2963,13 @@ layout: default
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GIS Data Handling
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@@ -2581,12 +2978,24 @@ layout: default
+
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+
Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
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Regional Variation
@@ -2636,124 +3045,140 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
@@ -2774,16 +3199,54 @@ layout: default
+Compute indicators for turnover boulders fields
+
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+Ecoregionalization
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+Indicators from geometric mean
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+Astronomy
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Interactive tools
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@@ -2800,6 +3263,15 @@ layout: default
+
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OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3291,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
@@ -2834,52 +3305,274 @@ layout: default
+
-SAM/BAM Manipulation
-
-
-
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-
-
-
-
-
-Metagenomic Analysis
-
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-
-
-GATK Tools
-
Other Tools
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Biodiversity data exploration
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Sanger Sequencing
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+Extract Features
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+QIIME 2
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+Metagenomic Analysis
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+
+GATK Tools
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+Built-in Converters
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