namespace Generator\Skeleton\skeleton\base\src\VK\CallbackApi

[windbridges]

В VK\CallbackApi\VKCallbackApiServerHandler и VK\CallbackApi\VKCallbackApiLongPollExecutor указан неймспейс:
namespace Generator\Skeleton\skeleton\base\src\VK\CallbackApi.

Вдобавок, если обойти эту проблему и попытаться использовать VKCallbackApiServerHandler, то возникает ошибка PHP Fatal error: Cannot make non abstract method VK\CallbackApi\VKCallbackApiHandler::confirmation() abstract in class Generator\Skeleton\skeleton\base\src\VK\CallbackApi\VKCallbackApiServerHandler in /data/vendor/vkcom/vk-php-sdk/src/VK/CallbackApi/VKCallbackApiServerHandler.php on line 19