diff --git a/bin/afa-pairwise.pl b/bin/afa-pairwise.pl new file mode 100755 index 0000000..12865a3 --- /dev/null +++ b/bin/afa-pairwise.pl @@ -0,0 +1,74 @@ +#!/usr/bin/env perl +use warnings; +use strict; +use Bio::SeqIO; + +my(@Options, $verbose, $sep); +setOptions(); + +my %seq; +my $afa = Bio::SeqIO->new(-fh=>\*ARGV, -format=>'fasta'); +while (my $seq = $afa->next_seq) { + $seq{ $seq->id } = $seq->seq; +} + +my @id = sort keys %seq; + +print join($sep, 'ID', @id),"\n"; +for my $i (0 .. $#id) { + my @row = ($id[$i]); + for my $j (0 .. $#id) { +# my $d = $i==$j ? 0 : distance( $seq{ $id[$i] }, $seq{ $id[$j] } ); +# push @row, $d; +# push @row, distance( $seq{ $id[$i] }, $seq{ $id[$j] } ); + my $d = distance( $seq{ $id[$i] }, $seq{ $id[$j] } ); + push @row, $d; + } + print join($sep, @row), "\n"; +} + +sub distance { + my($s, $t) = @_; + my $L = length($s); + die "Strings not same length!" if $L != length($t); + my $diff = 0; + for my $i (0 .. $L-1) { + $diff++ if substr($s,$i,1) ne substr($t,$i,1); + } + return $diff; +} + +#---------------------------------------------------------------------- +# Option setting routines + +sub setOptions { + use Getopt::Long; + + @Options = ( + {OPT=>"help", VAR=>\&usage, DESC=>"This help"}, + {OPT=>"verbose!", VAR=>\$verbose, DEFAULT=>0, DESC=>"Verbose output"}, + {OPT=>"sep=s", VAR=>\$sep, DEFAULT=>"\t", DESC=>"Output separator char"}, + ); + + (!@ARGV) && (usage()); + + &GetOptions(map {$_->{OPT}, $_->{VAR}} @Options) || usage(); + + # Now setup default values. + foreach (@Options) { + if (defined($_->{DEFAULT}) && !defined(${$_->{VAR}})) { + ${$_->{VAR}} = $_->{DEFAULT}; + } + } +} + +sub usage { + print "Usage: $0 [options] \n"; + foreach (@Options) { + printf " --%-13s %s%s.\n",$_->{OPT},$_->{DESC}, + defined($_->{DEFAULT}) ? " (default '$_->{DEFAULT}')" : ""; + } + exit(1); +} + +#---------------------------------------------------------------------- diff --git a/bin/fq b/bin/fq new file mode 100755 index 0000000..a7ff6c6 --- /dev/null +++ b/bin/fq @@ -0,0 +1,124 @@ +#!/usr/bin/env perl + +use warnings; +use strict; + +use List::Util qw(min max sum); +use List::MoreUtils qw(pairwise); +use Data::Dumper; + +use constant SAMPLE_RATE => 1_000; + +my(@Options, $quiet, $ref, $hist); +setOptions(); + +my $N=0; +my %len; +my $qv = ''; +my $GC=0; + +### http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format + +@ARGV or die "Please provide some FASTQ files!"; + +for my $file (@ARGV) { + print STDERR "Opening: $file\n" unless $quiet; + open my $fh, "gzip -c -d -f \Q$file\E |"; + while (<$fh>) { + my $seq = scalar(<$fh>); + chomp $seq; + $len{ length($seq) }++; + $GC += ($seq =~ tr/[GgCc]/[GgCc]/); + $N++; + scalar(<$fh>); + my $qual = scalar(<$fh>); + if ($N % SAMPLE_RATE == 0) { + chomp $qual; + $qv .= $qual; + print STDERR "\rProcessed: $N" unless $quiet; + } + } + print STDERR "\n" unless $quiet; + close $fh; +} + +my @len = sort { $a <=> $b } map { $len{$_} ? $_ : () } keys %len; + +my @k = keys %len; +my @v = values %len; +my $yield = sum( pairwise { $a * $b } @k, @v ); + +my %qv; +map { $qv{ord($_)}++ } (split m//, $qv); +#my $offset = max(keys %qv) > 73 ? 64 : 33; +my $quality = sum(map { $_ * $qv{$_} } keys %qv) / sum(values %qv); +#print STDERR Dumper(\%qv); +my $offset = $quality-64 < 20 ? 33 : 64; +$quality -= $offset; + +my $maxcount = max(values %len); +my($mode) = grep { $len{$_}==$maxcount } (keys %len); + +### Print out statistics + +#printf "Nfiles\t%d\n", scalar(@ARGV); +printf "Files\t@ARGV\n"; +printf "Reads\t%d\n", $N; +printf "Yield\t%d\n", $yield; +printf "GeeCee\t%.1f\n", (100*$GC/$yield); +printf "MinLen\t%d\n", $len[0]; +printf "AvgLen\t%d\n", $yield/$N; +printf "MaxLen\t%d\n", $len[-1]; +printf "ModeLen\t%d\n", $mode; +printf "Phred\t%s\n", $offset; +printf "AvgQual\t%.1f\n", $quality; + +if ($ref) { + my $size = ($ref =~ m/^(\d+)$/ ? $1 : (-s $ref)); + print STDERR "Calculating depth, using size $size\n"; + printf "Depth\t%dx\n", $yield/$size; +} + +if ($hist) { + for my $i ($len[0] .. $len[-1]) { + my $count = $len{$i} || 0; + my $bar = '#'x(int(($count*50/$maxcount)+1)); + printf "Len-%d\t%d\t%s\n", $i, $count, $bar; + } +} + +#---------------------------------------------------------------------- +# Option setting routines + +sub setOptions { + use Getopt::Long; + + @Options = ( + {OPT=>"help", VAR=>\&usage, DESC=>"This help"}, + {OPT=>"quiet!", VAR=>\$quiet, DEFAULT=>0, DESC=>"Quiet mode: no progress output"}, + {OPT=>"ref=s", VAR=>\$ref, DEFAULT=>'', DESC=>"Reference FASTA file OR size in bp"}, + {OPT=>"hist", VAR=>\$hist, DEFAULT=>0, DESC=>"Length histogram"}, + ); + + (!@ARGV) && (usage()); + + &GetOptions(map {$_->{OPT}, $_->{VAR}} @Options) || usage(); + + # Now setup default values. + foreach (@Options) { + if (defined($_->{DEFAULT}) && !defined(${$_->{VAR}})) { + ${$_->{VAR}} = $_->{DEFAULT}; + } + } +} + +sub usage { + print "Usage: $0 [options] \n"; + foreach (@Options) { + printf " --%-13s %s%s.\n",$_->{OPT},$_->{DESC}, + defined($_->{DEFAULT}) ? " (default '$_->{DEFAULT}')" : ""; + } + exit(1); +} + +#---------------------------------------------------------------------- diff --git a/bin/nullarbor.pl b/bin/nullarbor.pl index da8e578..0327262 100755 --- a/bin/nullarbor.pl +++ b/bin/nullarbor.pl @@ -14,7 +14,7 @@ # local modules use FindBin; -use lib "$FindBin::RealBin/../lib"; +use lib "$FindBin::RealBin/../perl5"; use Nullarbor::IsolateSet; use Nullarbor::Logger qw(msg err); use Nullarbor::Report; @@ -24,7 +24,7 @@ # constants my $EXE = "$FindBin::RealScript"; -my $VERSION = '0.3'; +my $VERSION = '0.4'; my $AUTHOR = 'Torsten Seemann '; #------------------------------------------------------------------- @@ -69,7 +69,7 @@ msg("This is $EXE $VERSION"); msg("Send complaints to $AUTHOR"); -require_exe( qw'kraken snippy mlst fq abricate nw_display trimal FastTree convert pandoc afa-pairwise.pl' ); +require_exe( qw'kraken snippy mlst fq abricate megahit nw_reroot nw_display trimal FastTree convert pandoc afa-pairwise.pl' ); require_perlmod( qw'Data::Dumper Moo Spreadsheet::Read SVG::Graph Bio::SeqIO File::Copy Time::Piece' ); if ($report) { diff --git a/etc/nullarbor.css b/conf/nullarbor.css similarity index 100% rename from etc/nullarbor.css rename to conf/nullarbor.css diff --git a/lib/Nullarbor.pm b/perl5/Nullarbor.pm similarity index 100% rename from lib/Nullarbor.pm rename to perl5/Nullarbor.pm diff --git a/lib/Nullarbor/Isolate.pm b/perl5/Nullarbor/Isolate.pm similarity index 100% rename from lib/Nullarbor/Isolate.pm rename to perl5/Nullarbor/Isolate.pm diff --git a/lib/Nullarbor/IsolateSet.pm b/perl5/Nullarbor/IsolateSet.pm similarity index 100% rename from lib/Nullarbor/IsolateSet.pm rename to perl5/Nullarbor/IsolateSet.pm diff --git a/lib/Nullarbor/Logger.pm b/perl5/Nullarbor/Logger.pm similarity index 100% rename from lib/Nullarbor/Logger.pm rename to perl5/Nullarbor/Logger.pm diff --git a/lib/Nullarbor/Report.pm b/perl5/Nullarbor/Report.pm similarity index 99% rename from lib/Nullarbor/Report.pm rename to perl5/Nullarbor/Report.pm index fd7d681..bdebf08 100644 --- a/lib/Nullarbor/Report.pm +++ b/perl5/Nullarbor/Report.pm @@ -15,7 +15,7 @@ sub generate { msg("Generating $name report in: $outdir"); open my $fh, '>', "$outdir/index.md"; - copy("$FindBin::Bin/../etc/nullarbor.css", "$outdir/"); + copy("$FindBin::Bin/../conf/nullarbor.css", "$outdir/"); #........................................................................................... # Load isolate list diff --git a/lib/Nullarbor/Requirements.pm b/perl5/Nullarbor/Requirements.pm similarity index 100% rename from lib/Nullarbor/Requirements.pm rename to perl5/Nullarbor/Requirements.pm diff --git a/test/data/data.tab b/test/data/data.tab index 424ce4d..b9b9d35 100644 --- a/test/data/data.tab +++ b/test/data/data.tab @@ -2,3 +2,4 @@ genome01 data/genome01_R1.fastq data/genome01_R2.fastq genome02 data/genome02_R1.fastq data/genome02_R2.fastq genome03 data/genome03_R1.fastq data/genome03_R2.fastq genome04 data/genome04_R1.fastq data/genome04_R2.fastq +ref data/ref_R1.fastq data/ref_R2.fastq diff --git a/test/data/ref.fa b/test/data/ref.fa index b34f649..37cc91a 100644 --- a/test/data/ref.fa +++ b/test/data/ref.fa @@ -1,15 +1,10 @@ ->genome01 -ATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCAAGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACT -CAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATCAAAGATGGTGAAGCTATCGTATTATCGAGTATTCC -TTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTTGTAGGC -TATGAAGTAAAACCTCACTTTATTACTACTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTC -CAAAAGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAA -TGCCCATAACACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCTGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCT +>genome04 G.genome strain 4 +TGCCCATAAGACATTTGACACTTTTGTAATCGGACCTGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCT GTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCGTACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTAGGAAAAACCC ATTTAATGCATGCCATTGGTCATCATGTTTTAGATAATAATCCAGATGCCAAAGTGATTTACACATCAAG TGAAAAATTCACAAATGAATTTATTAAATCAATTCGTGATAACGAAGGTGAAGCTTTCAGAGAAAGATAT CGTAATATCGACGTCTTATTAATCGATGATATTCAGTTCATACAAAATAAAGTACAAACACAAGAAGAAT -TTTTCTATACTTTTAATGAATTGCATCAGAATAACAAGCAAATAGTTATTTCGAGTGATCGACCACCAAA +TTTTCTATACTTTTAATGAATTGCATCAGAATAAGAAGCAAATAGTTATTTCGAGTGATCGACCACCAAA GGAAATTGCACAATTAGAAGATCGATTACGTTCGCGCTTTGAATGGGGGCTAATTGTTGATATTACGCCA CCAGATTATGAAACTCGAATGGCAATTTTGCAGAAGAAAATTGAAGAAGAAAAATTAGATATTCCACCAG AAGCTTTAAATTATATAGCAAATCAAATTCAATCTAATATTCGTGAATTAGAAGGTGCATTAACGCGTTT @@ -18,8 +13,8 @@ ATTCAAGCACCAAAATCTAAAAAGATTACCATCCAAGATATTCAAAAAATTGTAGGCCAGTACTATAATG TTAGAATTGAAGATTTCAGTGCAAAAAAACGTACAAAGTCAATTGCATATCCGCGTCAAATAGCTATGTA CTTGTCTAGAGAGCTTACAGATTTCTCATTACCTAAAATTGGTGAAGAATTTGGTGGGCGTGATCATACG ACCGTCATTCATGCTCATGAAAAAATATCTAAAGATTTAAAAGAAGATCCTATTTTTAAACAAGAAGTAG -AGAATCTTGAAAAAGAAATAAGAAATGTATAAGTAGGAAACTTTGGGAAATGTAATCTGTTATATAACAG -CACTAATAATAACAATCATTTTTTACATTTCTATATGCTAATGTGGCAAGATGAGCAAAACTCATTTTGT +AGAATCTTGAAAAAGAAATAAGAAATGTATAAGTAGGAAACTTTGGGAAATGTAATCTGTTATATAAGAG +CACTAATAATAAGAATCATTTTTTACATTTCTATATGCTAATGTGGCAAGATGAGCAAAACTCATTTTGT GGATAATGTTTAAAAGTCATACACACCATACACAAGTTATCAACATGTGTATAACTTCGCCAAATCTATG TTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTAT ATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACA @@ -41,7 +36,7 @@ TCGATAATGATGAGGTTGAAGTTGAATTCTTCGGTACAATGAAACCATTTATTCTAAAACCAAAAGGTGA CGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTG ATTAATTAAAACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGATTCGTATGTAAAATAAATTTGAC AGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCAATTAAATTTATGACAAATGTATCCAAAATTTAATAAGTGT -ACTTATATGCCCTTTAAATTTAAAATTTTAATAGTCAATAACAAGTTGAATATAAAAGTTAAACGTCGTT +ACTTATATGCCCTTTAAATTTAAAATTTTAATAGTCAATAAGAAGTTGAATATAAAAGTTAAACGTCGTT AAATAGCGTTAAAAAATTGAAAATGACAGTATTGCCAAAAAATAAGAATTAATTATTTATATGTAAACGG TTTCTACCTCTATTTTAAATGAAATTTGTGACAAAAAAAGGTATAATATATTAATGACATACAAAGAAAT GGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAG @@ -51,7 +46,7 @@ GCTGGTTCTTTCTTAATCATTCATCAAGGTGAACAATGAAGTTAAATACACTCCAATTAGAAAATTATCG TAACTATGATGAGGTTACGTTGAAATGTCATCCTGACGTGAATATCCTCATTGGAGAAAATGCACAAGGA AAGACAAATTTACTTGAATCAATTTATACCTTAGCTTTAGCAAAAAGTCATAGAACGAGTAATGATAAGG AACTCATACGTTTTAATGCTGATTATGCTAAAATAGAAGGTGAGCTTAGTTATAGACACGGCACGATGCC -ATTAACAATGTTTATAACTAAAAAAGGTAAACAAGTCAAAGTGAATCACTTAGAGCAAAGTCGTCTAACT +ATTAAGAATGTTTATAACTAAAAAAGGTAAACAAGTCAAAGTGAATCACTTAGAGCAAAGTCGTCTAACT CAATATATTGGACACCTCAATGTGGTTCTATTTGCGCCAGAAGATTTGAATATTGTAAAAGGCTCTCCTC AAATAAGACGACGCTTTATAGATATGGAGTTGGGCCAAATTTCTGCTGTTTACTTAAATGATTTAGCTCA ATACCAACGTATTTTAAAGCAAAAGAATAATTACTTAAAGCAGTTACAATTAGGCCAAAAAAAGGACTTA @@ -63,7 +58,7 @@ ATATAAGTTTTGATGTGAATGGCATGGATGCTCAAACATATGGTTCTCAAGGACAGCAACGTACAACGGC TTTGTCCATTAAATTAGCTGAAATTGAGTTAATGAATATCGAAGTTGGGGAATATCCCATCTTATTATTA GACGATGTACTCAGTGAATTAGATGATTCGCGTCAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTAC AAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTATTGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCG -TATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACG +TATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAAGAGAAAGCGATGGTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACG GATAATTATGGTGCTGGGCAAATACAAGTATTAGAAGGTTTAGAAGCAGTACGTAAAAGACCAGGTATGT ATATAGGATCGACTTCAGAGAGAGGTTTGCACCATTTAGTGTGGGAAATTGTCGATAATAGTATCGATGA AGCATTAGCTGGTTATGCAAATCAAATTGAAGTTGTTATTGAAAAAGATAACTGGATTAAAGTAACGGAT @@ -80,12 +75,12 @@ CATGAAGATGGATTTAAGCGTGCATTAACGCGTGTCTTAAATAGTTATGGTTTAAGTAGCAAGATTATGA AAGAAGAAAAAGATAGACTTTCTGGTGAAGATACACGTGAAGGTATGACAGCAATTATATCTATCAAACA TGGTGATCCTCAATTCGAAGGTCAAACGAAGACAAAATTAGGTAATTCTGAAGTGCGTCAAGTTGTAGAT AAATTATTCTCAGAGCACTTTGAACGATTTTTATATGAAAATCCACAAGTCGCACGTACAGTGGTTGAAA -AAGGTATTATGGCGGCACGTGCACGTGTTGCTGCGAAAAAAGCGCGTGAAGTAACACGTCGTAAATCAGC +AAGGTATTATGGCGGCACGTGCACGTGTTGCTGCGAAAAAAGCGCGTGAAGTAAGACGTCGTAAATCAGC GTTAGATGTAGCAAGTCTTCCAGGTAAATTAGCCGATTGCTCTAGTAAAAGTCCTGAAGAATGTGAGATA TTCTTAGTCGAAGGGGACTCTGCCGGGGGGTCTACAAAATCTGGTCGTGACTCTAGAACGCAGGCGATTT -TACCATTACGAGGTAAGATATTAAATGTTGAAAAAGCACGATTAGATAGAATATTGAATAACAATGAAAT +TACCATTACGAGGTAAGATATTAAATGTTGAAAAAGCACGATTAGATAGAATATTGAATAAGAATGAAAT TCGTCAAATGATCACAGCATTTGGTACAGGAATCGGTGGCGACTTTGATCTAGCGAAAGCAAGATATCAC -AAAATCGTCATTATGACTGATGCCGATGTGGATGGAGCGCATATTAGAACATTGTTATTAACATTCTTCT +AAAATCGTCATTATGACTGATGCCGATGTGGATGGAGCGCATATTAGAACATTGTTATTAAGATTCTTCT ATCGATTTATGAGACCGTTAATTGAAGCAGGCTATGTGTATATTGCACAGCCACCGTTGTATAAACTGAC ACAAGGTAAACAAAAGTATTATGTATACAATGATAGGGAACTTGATAAACTTAAATCTGAATTGAATCCA ACACCAAAATGGTCTATTGCACGATACAAAGGTCTTGGAGAAATGAATGCAGATCAATTATGGGAAACAA @@ -98,9 +93,6 @@ GAACAAGGTATGACACCGGATAAATCATATAAAAAATCAGCACGTATCGTTGGTGACGTAATGGGTAAAT ATCACCCTCATGGTGACTCATCTATTTATGAAGCAATGGTACGTATGGCTCAAGATTTCAGTTATCGTTA TCCGCTTGTTGATGGCCAAGGTAACTTTGGTTCAATGGATGGAGATGGCGCAGCAGCAATGCGTTATACT GAAGCGCGTATGACTAAAATCACACTTGAACTGTTACGTGATATTAATAAAGATACAATAGATTTTATCG -ATAACTATGATGGTAATGAAAGAGAGCCGTCAGTCTTACCTGCTCGATTCCCTAACTTATTAGCCAATGG -TGCATCAGGTATTGCGGTAGGTATGGCAACGAATATTCCACCACATAACTTAACAGAATTAATCAATGGT -GTACTTAGCTTAAGTAAGAACCCTGATATTTCAATTGCTGAGTTAATGGAAGATATTGAAGGTCCTGATT TCCCAACTGCTGGACTTATTTTAGGTAAGAGTGGTATTAGACGTGCATATGAAACAGGTCGTGGTTCAAT TCAAATGCGTTCTCGTGCAGTTATTGAAGAACGTGGAGGCGGACGTCAACGTATTGTTGTCACTGAAATT CCTTTCCAAGTGAATAAGGCTCGTATGATTGAAAAAATTGCAGAGCTCGTTCGTGACAAGAAAATTGACG @@ -110,16 +102,16 @@ ATGATTGCACTTGTAAACGGTAGACCGAAGCTTATTAATTTAAAAGAAGCGTTGGTACATTATTTAGAGC ATCAAAAGACAGTTGTTAGAAGACGTACGCAATATAACTTACGTAAAGCTAAAGATCGTGCCCACATTTT AGAAGGATTACGTATCGCACTTGACCATATCGATGAAATTATTTCAACGATTCGCGAGTCAGATACAGAT AAAGTTGCAATGGAAAGCTTGCAACAACGCTTCAAACTTTCTGAAAAACAAGCTCAAGCTATTTTAGACA -TGCGTTTAAGACGTCTAACAGGTTTAGAGAGAGACAAAATTGAAGCTGAATATAATGAGTTATTAAATTA +TGCGTTTAAGACGTCTAAGAGGTTTAGAGAGAGACAAAATTGAAGCTGAATATAATGAGTTATTAAATTA TATTAGTGAATTAGAAGCCATCTTAGCTGATGAAGAAGTGTTATTACAGTTAGTTAGAGATGAATTGACT GAAATTAGAGATCGTTTCGGTGATGATCGTCGTACAGAAATTCAATTAGGTGGATTTGAAGACTTAGAGG ACGAAGACTTAATTCCAGAAGAACAAATAGTAATTACTTTGAGCCATAATAACTACATTAAACGTTTGCC GGTATCTACATATCGTGCTCAAAACCGTGGTGGTCGTGGTGTTCAAGGTATGAATACATTGGAAGAAGAT -TTTGTCAGTCAATTGGTAACTTTAAGTACACATGACCATGTATTGTTCTTTACTAACAAAGGTCGTGTAT +TTTGTCAGTCAATTGGTAACTTTAAGTACACATGACCATGTATTGTTCTTTACTAAGAAAGGTCGTGTAT ACAAACTAAAAGGTTATGAAGTGCCTGAGTTATCAAGACAGTCTAAAGGTATTCCTGTAGTGAATGCTAT TGAACTTGAAAATGATGAAGTCATTAGCACAATGATTGCTGTTAAAGACCTTGAAAGTGAAGACAACTTC TTAGTGTTTGCAACTAAACGTGGTGTCGTTAAACGTTCAGCATTAAGTAACTTCTCAAGAATAAATAGAA -ATGGTAAGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGTTTAACAAGTGGTCAAGA +ATGGTAAGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGTTTAAGAAGTGGTCAAGA AGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGC CGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTC ATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAGTTAATGA @@ -140,14 +132,14 @@ CTCTTTGAGGTGCGGAGTGAATATTACACGACAAGTAGGTAATTGCGGTTTCAGTTTACTAAATATTGTA ATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTAT TCCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAA CATTTTCGTATCATTAATATCGATAACCATGGCTTCTGGACAACGAGAATGTAACGCTGAGTGATTCGTT -GGATGTGTTGCTACAGTGATTAAACCACTACCGCTAAATACACATGCACGAGCCGCTAACATGATGGCAC +GGATGTGTTGCTACAGTGATTAAACCACTACCGCTAAATACACATGCACGAGCCGCTAAGATGATGGCAC CACCTAAGTTAGCAGATCCACCAATTAATAAAATTTTGCCATAATCACCTTTATGTGAATCTTCTTTACG CTTAGGAATGTTAATAGAATTTAACGTTTCCATAGTGATATAACCTCCCATGTAAAAGCCTTTTCCGAAT -TTATTCAATTTTAAAAATATATAGTAACTTTTAACAAAATGTATTATAAATTTCTGAATTCATTATTCTT +TTATTCAATTTTAAAAATATATAGTAACTTTTAAGAAAATGTATTATAAATTTCTGAATTCATTATTCTT TGTCGTTAAATACAATAGAAAATACTATACCTGTATATGCAATTCGTCAATAGATAAATTATTAAATATA -CTTACAACAATATTAATATCCTTTAACACGCTACAATAGTGCTCTGATAATAGGTTATAAATGTACTTAA -AACCATTGTTTCAATAAAAATGAAAACGTATACTTCAAGAAGGATGGGTTACTTAATATTAACAAGGGGG -TAACATGTATGACATTATATTTAGATGGAGAAACACTAACAATTGAGGATATTAAATCATTTTTACAACA +CTTACAACAATATTAATATCCTTTAAGACGCTACAATAGTGCTCTGATAATAGGTTATAAATGTACTTAA +AACCATTGTTTCAATAAAAATGAAAACGTATACTTCAAGAAGGATGGGTTACTTAATATTAAGAAGGGGG +TAAGATGTATGACATTATATTTAGATGGAGAAACACTAAGAATTGAGGATATTAAATCATTTTTACAACA ACAAACGAATATAGAAATTGTTGATGAGGCGTTAGAACGTGTCAAGAAAAGTAGAGATGTAGTTGAACGT ATTATTGAAAATGAAGAAACAGTTTATGGCATTACAACAGGATTCGGATTATTTAGTGATGTGCGTATAG ATTCAACACAATACAATGAATTACAAGTGAATCTTATACGTTCACATGCGTGTGGATTAGGTAAGCCATT @@ -156,7 +148,7 @@ ACCTTAGATCTCGTAAAACAATTACAATTCTTTATAAATGAGCGTATTATACCAGTGATACCGCAACAAG GTTCACTCGGTGCATCAGGAGATTTAGCACCACTATCACATTTAGCATTAGCATTAATTGGTGAAGGCAA AGTGTTTTATAAAGATGTAGAAATGGATAGTGCAGACGTATTAAAGCAATTAAATAGACAACCTTTGAAC CTTCAGGCTAAAGAAGGATTAGCATTGATTAATGGTACGCAAGCTATGACAGCACAAGGTGTCATAAGTT -ATATAGAGGCAGAAGATTTAGGGTATCAATCTGAATGGATTGCAGCATTAACACATCAGTCGCTCAATGG +ATATAGAGGCAGAAGATTTAGGGTATCAATCTGAATGGATTGCAGCATTAAGACATCAGTCGCTCAATGG GATTATAGATGCATATCGTCATGAAGTGCATGCTGTTCGAAATTTTCAGGAACAAATTAATGTAGCAGCT 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TTTACACCAATTCGATAAAGTAGAAATGGTACGTTTTGAACAACCTGAAGATTCATGGAATGCTTTAGAA GAAATGACAACAAATGCAGAAGCGATCCTTGAAGAATTAGGTTTACCATATCGTCGTGTTATTTTATGTA CTGGTGATATCGGTTTTAGCGCAAGTAAAACATATGATTTAGAAGTTTGGTTACCAAGTTACAATGACTA TAAAGAAATTAGTTCATGTTCTAACTGTACTGATTTCCAAGCGCGTCGTGCAAATATTCGCTTCAAACGT GATAAAGCAGCTAAACCTGAATTAGCACATACTTTAAATGGTAGTGGTTTAGCAGTTGGACGTACATTTG -CTGCTATCGTTGAAAATTACCAAAATGAAGATGGAACAGTAACAATTCCAGAAGCTTTAGTACCATTTAT +CTGCTATCGTTGAAAATTACCAAAATGAAGATGGAACAGTAAGAATTCCAGAAGCTTTAGTACCATTTAT GGGTGGTAAAACACAAATTTCAAAATCAATTAAATAAAGACTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATAT CTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCTGTCGCC -ACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGTTTGTGGTT +ACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAAGAACAATAAATTAAGTTTGTGGTT TAATGGGGTGAACGCATTTCATTATAGCAACAATACGGGATAATTACGATGAACTAAAACAATCTAAAAT -GTAACAAGTTTGAGCATCATTAATATAGGAAAGGAAGCGATTAAATACTGATTTCGTTGATGTAGTATGA +GTAAGAAGTTTGAGCATCATTAATATAGGAAAGGAAGCGATTAAATACTGATTTCGTTGATGTAGTATGA 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