make n14 optional for detonation setup (#2656)

AMReX-Astro · Nov 22, 2023 · bc5fe8d · bc5fe8d
1 parent b720d68
commit bc5fe8d
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diff --git a/Exec/science/Detonation/problem_initialize.H b/Exec/science/Detonation/problem_initialize.H
@@ -16,7 +16,7 @@ void problem_initialize ()
     problem::in14 = network_spec_index("nitrogen-14");
     problem::io16 = network_spec_index("oxygen-16");
 
-    if (problem::ihe4 < 0 || problem::ic12 < 0 || problem::in14 < 0 || problem::io16 < 0) {
+    if (problem::ihe4 < 0 || problem::ic12 < 0 || problem::io16 < 0) {
         amrex::Error("ERROR: species indices not found");
     }
 
@@ -51,9 +51,15 @@ void problem_initialize ()
     }
 
     problem::xn[problem::ic12] = amrex::max(problem::cfrac, problem::smallx);
-    problem::xn[problem::in14] = amrex::max(problem::nfrac, problem::smallx);
     problem::xn[problem::io16] = amrex::max(problem::ofrac, problem::smallx);
-    problem::xn[problem::ihe4] = 1.0_rt - problem::cfrac - problem::nfrac - problem::ofrac - (NumSpec - 3) * problem::smallx;
+
+    if (problem::in14 >= 0) {
+       problem::xn[problem::in14] = amrex::max(problem::nfrac, problem::smallx);
+       problem::xn[problem::ihe4] = 1.0_rt - problem::cfrac - problem::nfrac - problem::ofrac - (NumSpec - 3) * problem::smallx;
+    }
+    else {
+       problem::xn[problem::ihe4] = 1.0_rt - problem::cfrac - problem::ofrac - (NumSpec - 2) * problem::smallx;
+    }
 
     // Set the ambient material