a

content/.obsidian/appearance.json

@@ -1,5 +1,5 @@
 {
-  "baseFontSize": 14,
+  "baseFontSize": 16,
   "cssTheme": "Minimal",
   "enabledCssSnippets": [
     "fontsize",

content/bio/bunka.md

@@ -2,5 +2,72 @@
 title: 'Bunka'
 ---
 
-## Organely
+## Bunková stena
 
+Permeabilná pre väčšinu menších molekúl
+
+### Rastlinná
+
+- *Primárna* - tenšia, flexibilná, počas rastu
+- *Sekundárna* - nachádza sa vo vnútri primárnej, keď bunka dorastá
+
+Z mikrofibríl celulózy, pospájane hemicelulózou, ponorené do siete pektínu
+Môže byť obohatená o:
+- `lignín` (*xylem* - drevo)
+- `suberín` (korok, Caspariho pásiky -> *hydrofóbne*)
+- `kutín alebo vosk` (endoderm)
+
+![|600](attachments/bunkova-stena-rastliny.png)
+
+## Cytoplazmatická membrána
+
+![|700](attachments/cytoplazmatická-membrána.png)
+
+Zložený z:
+- *fosfolipidy*
+- proteíny (periférne, integrálne)
+- lipidy - napr. cholesterol
+- glykoproteíny
+- glykolipidy
+
+### Fosfolipidová dvojvrstva
+
+Dôležitá je fluidita, určuje ju:
+- pomer *nenásytencých* a *nasýtených* MK
+- množstvo cholesterolu
+
+### Prechod látok
+
+Mechanizmy prechodu:
+- difúzia
+- osmóza
+- transportné proteíny
+- endocytóza
+- exocytóza
+
+#### Difúzia
+
+Nepriepustná pre *veľké, nabité, polárne molekuly* -> vodu, ióny, proteíny
+Najlepšie priepustná pre *malé nepolárne nenabité látky* -> dýchacie plyny, steroidné hormóny
+
+Facilitovaná difúzia -> **selektívne kanály**: akvaporíny, Na+ a K+ kanály, ...
+
+#### Endocytóza
+
+![|600](attachments/endocytóza.png)
+
+#### Exocytóza
+
+
+
+### Spojenia buniek
+
+- *tight junctions* (tesné spojenia) -> epitely
+- *dezmozómy* -> pevné spojenia v namáhaných tkanivách, napr. svaly
+- *gap junctions* -> prechod látok cez kanáliky priamo do ďalšej bunky
+
+![|400](attachments/spojenia-buniek.png)
+
+## Mitochondria
+
+37 genov

content/bio/ekológia.md

@@ -6,21 +6,39 @@ title: "Ekológia"
 ## Diverzita
 tri metriky: alfa/beta/gamma
 
+- Alfa -> Lokálna diverzita
+- Beta -> Diverzita spoločenstiev
+- Gamma -> Globálna diverzita
+
 ![1. 1.39; 2. 0.71 |400](attachments/index-diverzity.png)
 
 ### Alfa diverzita
 **Shannonov index**:
-$H' = - \sum{p_i \ln(p_i)}$
-$p_i = \text{relatívna abundancia druhu i} = \frac{\text{počet jedincov druhu}}{\text{počet jedincov spoločenstva}}$
+$H'=-\sum{p_i\ln(p_i)}$
+$p_i=\text{relatívna abundancia druhu i} = \frac{\text{počet jedincov druhu}}{\text{počet jedincov spoločenstva}}$
 1.komunita 1.39
 2.komunita 0.71
 
+Maximálna hodnota = ln(S)
+Viac citlivý na druhové bohatstvo
+
 **Simpsonov index**:
-$D = \sum{p_i^2}$ 
+$D=\sum{p_i^2}$ 
 alebo často inverzne ako $S_D = 1/D$
 1.komunita 0.25
 2.komunita 0.655
 
+Viac citlivý na druhovú vyrovnanosť
+
+**Gini-Simpson index**:
+$GS=1-D$
+
+**Hillov index**:
+$$D = \frac{(\sum{x})^{2}}{\sum{x^{2}}}$$
+
+**Ekvitabilita**:
+- $E_{H}=\frac{H}{\ln S}$
+
 ### Beta diverzita
 Not really dôležité
 ![|600](attachments/beta.png)
@@ -54,6 +72,7 @@ Platí takmer pre všetky druhy
 *Mullerovské mimikri* - napodobňovanie iného nebezpečného druhu, aby bol znak viac rozoznateľný
 
 ## Ostrovy
+
 Pri menších populáciach sa ľahko usadí jediná alela
 ![|300](attachments/alely.png)
 *Adaptívna radiácia* - pri kolonizácii sa druhy rýchlo diverzifikujú (Darwin)
@@ -68,8 +87,11 @@ Pri menších populáciach sa ľahko usadí jediná alela
 - veľa menších mláďat
 - relatívne nízka mortalita mláďat oproti dospelcov
 - *Fast stratégia*
+
 **K-stratég**
 - pomalé dospievanie
+- dlhý život
+- investícia do výchovy
 
 ### CSR
 ![|500](attachments/csr.png)
@@ -95,3 +117,11 @@ Diverzita je väčšia tam, kde je nejaká malá disturbancia
 **Primárna produkcia**:
 Voľný oceán je limitovaný železom
 ![|800](attachments/primarna-produkcia.png)
+
+## Spoločenstvá
+
+Zmeny v populáciach:
+- druhovej skladby -> aké druhy
+- druhové bohatstvo -> koľko druhov
+- relatívna abundancia -> zastúpenie druhu v celku
+- celková biomasa

content/bio/genetika.md

@@ -72,7 +72,6 @@ Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, laboratórne myši, Escheria coli
 
 ## Biochemicky
 
-![](attachments/gen.png)
 
 ### DNA
 
@@ -117,20 +116,27 @@ Existujú 3 hlavné typy:
 Semi-konzervatívny proces zdvojenia DNA, výsledkom sú 2 rovnaké molekuly DNA
 
 **Enzýmy**:
-- `topoizomeráza` - narovnáva vlákno, aby sa mohla naviazať helikáza
+- `topoizomeráza` - narovnáva vlákno, odstraňuje *pnutie* aby sa mohla naviazať helikáza
+	často cieľom liekov proti **rakovine**
 - `helikáza` - rozdeľuje DNA, tvorí *replikačnú vidlicu* (ruší vodíkové mostíky)
 - `primáza` - syntetizuje RNA primery na lagging strand
 - `DNA polymerázy` (u euk 5) - tvoria fosfodiesterové väzby v smere 5' -> 3'
 	kvôli jednému smeru polymerizácie sa *lagging strand* (5-3) musí replikovať po častiach - **Okazakiho fragmenty**
+- `RNAza` - odstraňuje primery
+- `ligáza` - spája fragmenty
 
-![|400](attachments/dna-replikácia.png)
+![|500](attachments/dna-replikácia.png)
 
 ![](https://media0.giphy.com/media/3G3fNzu04GvPW/giphy.gif?cid=6c09b952lmzgksbejf76agzu5p3g6lzep5kamrosma3f1wan&ep=v1_gifs_search&rid=giphy.gif&ct=g)
 
 ### Transkripcia
 
+![](attachments/gen.png)
+
 Premena DNA -> mRNA:
 - **INICIÁCIA**: RNA polymeráza sa *naviaže na promoter v 3' -> 5' smere*
+	DNA sa rozpletie pri TATA boxe -> najslabšia väzba (2 vodíkové mostíky/bp)
+	Syntéza RNA sa začne pri Shine-Dalgarno bode
 - **ELONGÁCIA**: RNA polymeráza katalyzuje tvorbu `fosfodiesterovej väzby` v preRNA v smere 5' -> 3'
 - **TERMINÁCIA**: pri polyadenylačnom signále (AAUAAA) enzýmy rozštiepia transkript, ale polymeráza pokračuje a zastavia ju až degradačné enzýmy
 

content/bio/metódy-molekularnej-bio.md

@@ -0,0 +1,103 @@
+---
+title: "Metódy molekulárnej biológie"
+---
+
+## Elektroforézy
+
+### Agarózová gélová EF
+
+Separácia `DNA` a `RNA`, migrujú v *elektrickom poli* cez *agarózový gel* ku **anóde** (lebo sú záporné)
+Rozdeľujú sa podľa *veľkosti molekuly* (ako veľmi sa zasekávajú, pomer m/z je cca rovnaký)
+- menšie rýchlejšie
+- väčšie pomalšie
+
+Vizualizácia => **interkalačné činidlá** - viažu sa do veľkého žliabku DNA (mutagény) - `etídium bromid` 
+Potom *UV vizualizácia* -> naviazané farbivá svietia
+
+Na to aby sme vedeli cca veľkosť sa používa tzv. `leader` -> známe veľkosti (2, 4, 6, 8, 10kb)
+
+Najredší gél je 0.7%
+Pri menších veľkostiach sa musí používať hustejší gél a niekedy aj kapiláry.
+Napr. pri sekvenovaní sa používajú 300b dlhé fragmenty
+
+Používajú sa aj farbivá na estimation toho nakoľko už proces prešiel, putujú cca ako DNA
+-> brómfenolová modrá, xyléncyanol
+
+Pri **plazmidoch** sa tvoria *3 bandy* -> (kruhová, lineárna a superšpiralizovaná)
+
+Pri RNA treba denaturovať *sekundárne štruktúry* -> formamid, močovina
+Pri separácii RNA z bunky sa objavujú 2 veľké bandy -> *rRNA*
+
+Extrakcia z gélu sa robí buď vyrezaním alebo rozpustením
+
+> PFGE?? pulse field electrophoresis
+
+### EMSA
+
+-> Electrophoretic mobility shift assay
+
+Väzba proteíny na NK -> spomalenie migrácie
+NK značené radioaktívne cez (fosfor P-32)
+
+### PAGE
+
+-> Polyakrylamidová gélová elektroforéza
+
+Separácia proteínov
+Pridáva sa SDS (sodium dodecylsulphate) na denaturáciiu a udelenie náboja proteínom
+Gél => zmes akrylamidu a bisakrylamidu
+Je to vertikálny gél
+Farbí sa s Coomassie R-250 Brilliant Blue
+
+!!! - mutacie sa oznacuju (originalna baza) + miesto + (nova baza)
+
+#### 2D Page
+
+1. rozmer: *nedenaturačná* izoelektrická fokusácia (podľa izoelektrického bodu)
+2. rozmer: *denaturačné* page
+
+Izoelektrická fokusácia funguje cez 
+
+![](attachments/izoelektrická-fokusácia.png)
+
+## Bloty
+
+Prenos separovaných NK alebo prot na membránu -> špecifická próba alebo protilátka -> detekcia
+
+- Southern blot: DNA
+- Northern blot: RNA
+- Western blot: proteíny
+
+### Northern blot
+
+Prenos RNA z gélu na *kladne nabitú nylonovú membránu* (elektricky alebo kapilárne)
+Detekcia sa robí *hybridizáciou* (RNA komplementarita) s radioaktívne alebo inak značenou próbou
+Vizualizácia expozíciou na film alebo fosforovým skrínom
+Špecificita záleží na *teplote a salinite* (vyššia pri -> ⬆️ teplota, ⬇️ salinita)
+
+### Southern blot
+
+Používa sa väčšinou na overenie vloženia sekvencie do génomu
+Najprv sa DNA reštrikčne naštiepi
+
+### Western blot
+
+Presun z PAGE gélu na nitrocelulózovú alebo PVDF membránu
+Na rozoznávanie sa používajú *protilátky* - monoklonálne (špecifické) vs polyklonálne
+
+Vizualizácia (podľa toho čo je naviazané na sekund. protil.):
+- kolorimetrická - enzým, ktorý štiepi farbivo
+- chemiluminiscencia - enzým, ktorý chemicky tvorí svetlo
+- fluorescencia - fluorescenčné farbivo
+	> [Stokesov posuv](https://en.wikipedia.org/wiki/Stokes_shift)
+
+## Reštrikčné endonukleázy
+
+Enzýmy ktoré štiepia DNA na určitých miestach podľa sekvencie
+Štiepia *palindromické sekvencie* a stále symetricky (lebo sú to vlastne dimérne enzýmy)
+
+Môžu tvoriť:
+- blunt konce
+- sticky konce
+
+Fok1 - štiepi 9bp a 13bp downstream od rozoznávaného miesta

content/bio/prokaryoty.md

@@ -0,0 +1,59 @@
+## Stavba
+
+### Bunková stena prok.
+
+Mechanická odolnosť, udržujú turgor
+Tvorená peptidoglykánom, sieťová štruktúra
+Cieľom mnohých antibiotík (betalaktamove, cefalosporiny) a lyzozym -> štiepia BS -> pukne
+
+#### Gramove farbenie
+
+Delenie: *Gram +/-* 
+Na základe farbenia kryštal. violeťou + safranin a fuchsin
+Gram + -> veľa peptidoglykanu -> zachytava violeť -> *fialove*
+Gram - -> málo peptidoglykanu -> nezachytava violet -> *cervena* (safranin a fuchsin farbia vnutro)
+
+Gram negativne maju aj lipopolysacharidovú vrstvu
+
+#### Glykokalyx
+
+Polysacharidovy povrch u niektorych bakterii
+Biofilm, ochrana pred fagocytozou makrofagov
+Cielom protilatok
+
+
+### Výbežky
+
+#### Bičík
+
+#### Fimbrie
+
+Prichytenie bakterii k povrchu -> biofilm
+Interakcie na povrchu s cielovymi bunkami -> rozne epitely
+Mechanizmus virulencie
+
+#### Pili
+
+Zabezpecenie konjugacie medzi dvoma bakteriami -> HGT plazmidu
+Oligomérny proteín pilín
+
+### Cytoplazma
+
+#### Ribozómy
+30S + 50S => 70S
+
+#### Plynové vakuoly
+Z hydrofobnych proteinov, nepriestupne pre vody
+
+#### Tylakoidy
+Jedine membranove struktury prokaryotov -> typicke pre sinice
+
+## Tvar
+
+![|600](attachments/tvary-baktérií.png)
+
+## Rozmnožovanie
+
+#### Endospóra
+
+![|800](attachments/endospora.png)